Argumento.

Trata de tres niñas que son invocadas al planeta Cefiro (mal llamado Cephiro en la versión estadounidense y en algunos sitios web) para cumplir una leyenda que cambiaría el destino de este mundo. Las excursiones escolares de tres colegios femeninos japoneses coinciden en la Torre de Tokio. De pronto, ante tres chicas que no se conocen, Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki y Fuu Hououji, aparece una luz que les ciega y las transporta al cielo del planeta Cefiro, comienzan a caer al vacío cuando un pez volador gigante las recoge y les lleva al encuentro del hechicero (o gurú) Clef, quien les dice que son las legendarias Magic Knights (Guerreras Mágicas), convocadas por la princesa Emeraude (Esmeralda), el Pilar de Cefiro, quien fue dejada cautiva por Zagato, su guardian personal. Las tres chicas convocadas inician así un camino para conseguir sus armas mágicas, desarrollar sus poderes, despertar a los Mashin (o genios, como fueron llamados en el doblaje para Latinoamérica) de Cefiro y demostrar así que son las verdaderas elegidas para salvar a ese planeta. En el camino deben olvidar momentáneamente que desean volver a sus vidas normales, concentrarse en formar un equipo y derrotar a los diferentes enemigos que Zagato envía. Al final logran despertar a los mashin y derrotan a Zagato, solo para encontrar que no era tan malo como se pensaba, y que su verdadera misión aun no había terminado.
En la segunda parte, Hikaru, Fuu y Umi, que ahora son amigas de corazón en Tokio, se encuentran nuevamente en dicha torre recordando las aventuras vividas en Cefiro con nostalgia, especialmente a todos los amigos que hicieron allí cuando una vez más son transportadas a este mundo mágico, encuentran a Clef, quien les cuenta que debido a la muerte de la Princesa Emeraude, Cefiro se encuentra sin un Pilar, que es fundamental para la supervivencia de todos los habitantes del planeta y del planeta mismo, también les dice que en esta ocasión nadie las ha convocado ya que solo el pilar podía hacerlo. Las Guerreras Mágicas deben ayudar mientras se encuentra el nuevo Pilar de Cefiro, misión que se complica cuando invasores de los planetas Autozam, Cizeta (pronúnciese chizeta) y Fahren, deciden tratar de convertirse en el nuevo Pilar y adueñarse de Cefiro.
El sistema del pilar de céfiro
Céfiro es un mundo donde los pensamientos determinan todo, los buenos pensamientos generan buenas cosas, por otro lado los temores pueden materializarse en forma de terribles seres y monstruos. La forma en que el pilar gobierna el mundo de Céfiro es por medio de oración y concentración, tiene que enfocar toda su voluntad y energía mental en la estabilidad, así, al ser la persona con más voluntad del mundo, el pilar evita la aparición de monstruos y da estabilidad al clima, incluso protege contra invasores de otros planetas.
Sin un pilar el mundo de Céfiro se llenará de monstruos, habrá tormentas, terremotos y eventualmente terminará por destruirse. Sin embargo convertirse en pilar conlleva un sacrificio enorme, la persona encargada debe dedicarse exclusivamente al bienestar del mundo, por lo que no puede hacer nada que lo distraiga o aparte de su labor, ni siquiera enamorarse.
El puesto de pilar es vitalicio. Una vez que un pilar ha muerto debe ser elegido un nuevo pilar, ésta elección no se lleva a cabo por la gente, sino por El símbolo del pilar, este símbolo legitima a su poseedor como el pilar de Céfiro y toma la forma más adecuada para el mismo cuando se acerca (cuando perteneció a la princesa Esmeralda era una corona, y con Lucy se transformó en espada). O en el caso del Manga, la creadora de Céfiro, Mokona, pone una prueba a los candidatos a ser el Pilar y el que gane es el Pilar.
Mientras un nuevo pilar aparece, el símbolo se ubica en el "cuarto del pilar" el cual está protegido por una poderosa magia que ataca a quien se acerque si no demuestra tener una voluntad que lo haga digno de convertirse en pilar.
El papel del pilar es tan importante para Céfiro que nadie puede atentar contra ellos, aún cuando lo desearan, es por ello que cuando el pilar no puede por alguna razón continuar su labor, tiene a su disposición una magia que nadie mas posee y es la de convocar a alguien del mundo místico (en este caso La Tierra) a convertirse en Guerreros Mágicos, quienes son los únicos que pueden permitir la entrada de un nuevo pilar que sin embargo significará la muerte del pilar actual.
Abolición del pilar de Céfiro
Cuando Esmeralda fue elegida pilar, Zagato (un poderoso mago) fue instalado como su asistente personal. Cuando las chicas del mundo místico llegan a Céfiro, se enteran que Esmeralda es cautiva de Zagato, lo cual ocasiona que el mundo mágico se desestabilice; sin embargo, el amor que la princesa siente por su aistente personal es la verdadera causa de la desetabilidad de Cefiro. Al convertirse en guerreras mágicas y derrotar a Zagato, las niñas se enteran que su dolorosa misión será matar al pilar actual porque ha dejado de ser un sosten de Céfiro. Tras concluir su cometido, las tres chicas regresan a Tokio.
La vida de regreso a la Tierra es insoportable, pues el cargo de conciencia que cargan no las deja concentrarse y rehacer sus vidas normales. Sorpresivamente, las tres guerreras mágicas vuelven a Céfiro, lo cual resulta inexplicable dado que sólo el pilar tenía el poder de convocarlas. Sin un pilar, Céfiro comienza a morir cada vez más rápido, pues se va deshaciendo a pedazos y tanto los paisajes con sus ríos y animales han desaparecido, dando lugar a un desértico y oscuro paraje.
La noticia de la falta de un pilar llega a oídos de planetas lejanos, por lo que paulatinamente arriban invasores que intentan adueñarse del pilar. Las naves de Autozam son las primeras en llegar, seguidas de Fahren y Chizeta.
Hikaru, Umi y Fuu combaten a estos invasores, además de nuevas criaturas que aparecen del miedo de la gente por sentirse desamparados ante la falta del pilar. Finalmente, las batallas terminan y Hikaru resulta ser el nuevo pilar, que una vez establecido, ella decide abolir ese sistema y dejar el futuro de Céfiro en manos de sus habitantes.